Bei Kotwasser handelt es sich um ein Symptom und um keine direkte Krankheit. Es ist auch von einer klassischen Durchfallerkrankung zu unterscheiden, bei der das Pferd flüssigen Kot absetzt. Bei Kotwasser handelt es sich um ein freies Wasser, welches unabhängig vom Kot abgegeben werden kann und eine Mischung aus verschiedenen Flüssigkeiten wie Gallen- und Lymphflüssigkeit besteht. 

Kotwasser kann viele Ursachen haben. Manche Pferde vertragen frisches Weidegras schlechter als andere Pferde und wieder andere Pferde haben vorwiegend Kotwasserproblematiken im Winter, weil sie ungebundenes Wasser schlechter vertragen. Auch ein starker Wurmbefall kann dazu führen, dass diese Pferde lebenslang an Kotwasserproblemen leiden, weil Würmer die Darmschleimhäute angreifen und Verletzungen hinterlassen, wodurch ein Narbengewebe entsteht, welches zu Problemen führen kann. Nicht jedes Pferd hat ein langfristiges Kotwasserproblem. Auch Infekte, bakterielle Erkrankungen, Futtermittelunverträglichkeiten, Wetterumschwünge, Stress können Auslöser für kurzfristige Kotwasserproblematiken sein. Bei betroffenen Pferden sollte nach der Ursache gesucht werden. In diesem Fall kann es sinnvoll sein, in Absprache mit einem Tierarzt eine Kotprobe in einem Labor untersuchen zu lassen. Diese sollte auf Parasiten aber auch auf die Bakterienkultur im Darm hin untersucht werden. 

Weiter sollte das gesamte Haltungs- und Fütterungsmanagement der Pferde kritisch überprüft werden. Raufutter ist das Hauptfutter unserer Pferde und sollte mit als erstes auf die Qualität geprüft werden. Heu, Stroh und Silage sollte sich in einem einwandfreien Zustand befinden, ohne Spuren von Schimmel, staubarm und auch der Geruch sollte nicht muffig sein. Ggf. ist hier eine Analyse des Raufutters sinnvoll. Auch Kraftfutter und vor allem Saftfutter wie z.B. Möhren müssen von höchster Qualität sein und sollten keine Spuren von Schimmel enthalten.

Bei betroffenen Pferden ist der Aufbau einer gesunden Darmflora sehr wichtig. Aus diesem Grund sollte ausreichend Raufutter gefüttert werden, um das empfindliche mikrobielle Milieu gesund zu erhalten. Weiter gibt es viele Komponenten, die eine gesunde Verdauung unterstützen können. Zum Beispiel z.B. Flohsamenschalen, die ein gutes Wasserbindungsvermögen haben, Giftstoffe binden und die enthaltenden Schleimstoffe sich positiv auf die Magen-Darmschleimhäute auswirken können. 

Leinsamen verfügen ebenfalls über einen hohen Gehalt an natürlichen Schleimstoffen, welche sich ebenfalls positiv auf die Magen-Darmschleimhäute auswirken können. 

Verschiedene Kräuter wie z.B. Kamille, Oregano, Anis, Kümmel, Fenchel, etc. können den Magen-Darmtrakt beruhigen. 

Auch Bierhefe ist ein natürliches Probiotikum, welches eine gesunde Verdauung unterstützen kann. 

Weiter kann eine gänzlich getreidefreie Fütterung bei Pferden, die zu der Symptomatik neigen, die Verdauung entlasten. Man kann eine Fütterung von empfindlichen Pferden allerdings nicht pauschalisieren. Eine individuelle Fütterung in Kombination mit dem richtigen Management und vor allem ein Abstellen der Ursachen ist hier entscheidend.